ولادت:
نام او به صورتهای متعدد ضبط شده است. گفته شده است سيد حسن و گفته شده است محمد حسن بن محمود بن اسماعيل و گفته شده است محمد اسماعيل بن فتح الله بن عابد بن لطف الله بن محمد مؤمن حسينى‌شيرازى. بهرحال او به ميرزاى شيرازى معروف است. او يكى از علماى اماميه است كه در سال 1230 هجرى در شيراز زاده شد و در آن شهر در پناه دايى خود ميرزا حسين موسوى پرورش يافت.
تحصيل:
پيش از شش سالگى خواندن و نوشتن را فرا گرفت و در شش سالگى شروع به آموختن ادبيات عرب كرد و سپس به فراگيری فقه و اصول پرداخت و در سنين پايين آن را به پايان رسانيد.
در سال 1248 هجرى براى ادامه تحصيل به اصفهان مسافرت كرد. اصفهان در آن دوره مركز علم و دانش به شمار مي آمد. ميرزاى شيرازى نزد بزرگ‌ترين علماى آن ديار همچون شيخ محمد تقى مؤلف حاشية المعلم و سيد حسن بيدآبادى مشهور به مدرس و نيز ملا محمد ابراهيم كلباسى تلمذ كرد.
در سال 1259 هجرى به نجف اشرف مهاجرت كرد و در درس اساتيد بزرگ آن ديار حضور يافت. وى به طور اخص در درس‌هاى شيخ انصارى حضورى پيوسته داشت تا به مرحله‌اى از علم رسيد كه انگشت نماى طالبان علم گرديد. ميرزاى شيرازى تا وفات شيخ انصارى همواره ملازم و همراه آن بزرگوار بود.
مرجعيت و زعامت:
پس از وفات شيخ انصارى در سال 1281هجرى به همراه سيد حسين حجت كوهكمرى به مرجعيت و زعامت شيعيان رسيد و پس از وفات آية الله كوهكمرى به تنهايى عهده‌دار اين مسؤوليت گرديد و مردم نيز از او تقليد كردند تا آن كه به يگانه مرجع شيعيان اماميه در جهان تبديل گرديد.
وقتی تصدی امر مرجعيت را به عهده گرفت كوشيد تا استقلال سياسی و اقتصادی آن را از سلطه حاكميت حفظ كند. به همين جهت وقتی در سال 1287 هجری ناصرالدين شاه قاجار به زيارت عتبات عاليات آمد با اين كه ساير علما به استقبال شاه رفتند، او برای استقبال بيرون نشد. همچنين پولی را كه شاه برای او فرستاده بود نپذيرفت. به همين دليل شاه وزير خود حسن خان را نزد ميرزا فرستاد تا در اين رابطه با او صحبت كند و از او بخواهد كه به ديدار شاه بيايد. ولی ميرزای شيرازی عذر آورد كه او درويش است و كاری با ثروت و پادشاه ندارد. ولی وزير اصرار كرد كه ميرزا حتماً حضور پيدا كند و پيشنهاد كرد كه ميرزا با شاه در صحن شريف علوی يك جا شوند. شاه موافقت كرد و آن دو در آنجا يكديگر را ملاقات كردند. بدين ترتيب هم ميرزا منزلتی رفيع نزد شاه يافت و هم مرجعيت را از سايه حاكميت دور نگهداشت تا بتواند با آزادی بهتری به مصاف چالشهای داخلی و خارجی بپردازد.
ميرزای شيرازی در سال 1288 هجرى به شهر سامرا مهاجرت كرد و در آنجا اقامت گزيد. گفتهاند كه علت اين مهاجرت درخواستهای بسيار مردم بوده است. بعضی نيز گفتهاند كه علت، وجود فرقههای جاهل در اين شهر بوده است. ولی بهترين دليل فقر علمی و فرهنگی سامرا بود. بنابراين ميرزای شيرازی برای انجام وظيفه شرعی و ابلاغ آموزههای دين و احكام آن راهی سامرا شد. انبوهى از علما و مدرسين و طلاب نيز در اين هجرت تاريخی او را همراهی كردند. بدين ترتيب سامرا رو به آبادانی نهاد و مورد توجه مردم واقع گرديد. در همين دوره بود كه جنبش علمى در اين شهر آغازيدن گرفت و شهر سامرا مقصد طالبان علم از اقصی نقاط دنيا گرديد.
پويش اجتماعی و سياسي:
او به امور مردم، خصوصاً فقرا و مستمندان اهتمامی شديد داشت و همواره به ايشان مساعدت مينمود. ميرزا در شهر سامرا طرحهای عمرانی بسياری را روی دست گرفت. در اين شهر بازار و مدرسه بزرگی را بنا كرد و بر روی دجله پلی ساخت. در اواخر عمر شريفش، سامرا شاهد يك سری فتنهها و ناآراميهايی بود كه از سوی حاكميت آن زمان دامن زده ميشد. به همين جهت علمای نجف از آن بزرگوار خواستند كه سامرا را به مقصد نجف اشرف ترك گويد. ولی او نپذيرفت و تا پايان عمر در اين شهر ماند.
در دوران ناصر الدين شاه قاجار انگليسى‌ها تلاش كردند تا بر مراكز و توانمندىهاى اقتصادى ايران سيطره پيدا كنند. ولی ميرزای شيرازی طی انقلاب تنباكو در سال 1309 هجری قاطعانه در برابر اين تؤطئه ايستادگی كرد. ناصرالدين شاه امتياز كشت و توزيع تنباكو را به انگليسى‌ها داده بود. ولی ميرزاى شيرازى فتوا به تحريم استعمال تنباكو داد. در پى آن مردم از كشيدن تنباكو خوددداری كردند. همين امر باعث شد تا شاه مجبور شود امتياز واگذار شده به انگليسى‌ها را لغو نمايد. انگليسى‌ها تلاش كردند تا با وعده‌هاى گوناگون از جمله اموال هنگفت نظر ميرزاى شيرازى را عوض كند، اما موفق به اين كار نشدند.
پس از اين تاريخ به مدت 9 سال ميرزای شيرازی توجه خود را به هويت و وحدت مسلمانان در برابر چالشهای غربيها معطوف داشت. در حادثهای مردم سنی مذهب سامرا ايشان را سنگباران كردند. كنسول انگليس در بغداد نزد ميرزا آمد و آمادگی دولت خود را برای دادن يك واكنش سخت به اين حادثه اعلام داشتند. ولی ميرزا گفت:«اين حادثه صرفاً يك عمل ناآگاهانه كودكانه بود. كودكانی كه در راه بازی ميكردند اين كار را انجام دادند. بنابراين نيازی نيست كه انگليس در اموری دخالت كند كه هيچ ارتباطی به آن ندارد.» كنسول مأيوس و خوار بازگشت. بدين ترتيب ميرزای شيرازی ريشههای مقاومت آگاهانه را در نهاد مرجعيت كاشت و دروازههای مبارزه سياسی را فرا روی آن گشود.
بنابراين مرجعيت همانگونه كه در برابر استبداد داخلی ميايستد، از خطر چالشهای خارجی نيز نميكاهد و استعمار خارجی را ورای استبداد داخلی دولت قاجاريه ميبيند كه گاهی به آلت دست روسيه و گاهی به آلت دست انگليس تبديل ميشود. از اين پس انديشههای اصلاح سياسی مبنی بر زدودن استبداد و برپايی دولتی مبتنی بر قانون نزد او شكل ميگيرند.
تأليفات:
برخی از تأليفات ايشان عبارتند از: كتابی در طهارت تا وضو، رسالهای در رضاع، كتابی در اول مكاسب تا آخر معاملات، رسالهای در اجتماع امر و نهي.
وفات:
سرانجام ميرزای شيرازی در شب چهارشنبه 24 شعبان 1312 هجرى در سامرا وفات يافت و در نجف اشرف در آستانه دروازه صحن شريف اميرالمؤمنين عليه السلام معروف به باب طوسى به خاك سپرده شد.