علامه مرجع نيز بر اهميت همگامی حوزه های علميه با عنصر زمان تأكيد نمودند و خاطر نشان كردند كه اين مسأله نبايد فقط در روش صورت گيرد. بلكه بايد در عرصه عملكردها و شيوه ها نيز صورت بگيرد و از هرگونه غلو به دور باشد. چرا كه غلو سيمای نورانی اسلام را خدشه دار می نمايد. ايشان تأكيد داشتند كه بايد تلاشی پيگير برای بالا بردن سطح فرهنگی و فكری حوزه ها صورت گيرد و نيازمنديهای كشورهای اسلامی برآورده شود و به شبهه های فكری ساخته و پرداخته مكاتب اسلام ستيز پاسخ داده شود.
علامه مرجع اشاره داشتند كه يك شبيخون فرهنگی همه جانبه، آگاهی ها و باورهای اسلامی را مورد حمله قرار داده است و از اين نظر حوزه های علميه رسالت سنگينی بر عهده دارند. چالشهای فرهنگی و فكری امروز، به بررسيهايی عميق و پاسخگويی علمی توسط متخصصان حوزه های علميه نياز دارند.
ايشان تأكيد كردند كه نبايد فقط به جنبه نظامی بسنده كنيم. هر چند كه اين جنبه نيز به خاطر خطرات و تهديدات مخالفان و رويارويی با جنگهای دامن زده شده از سوی آمريكا و اسرائيل، به نوبه خود از اهميت خاصی برخوردار است، ولی ما عقيده داريم كه يك نبرد همه جانبه فرهنگی بزرگ در جريان است. برای اين منظور بايد كه از يك سو ميراث خود را مورد بررسی و پالايش قرار دهيم و از سوی ديگر ميراث و ابزارهای فرهنگی هجومی و دفاعی ديگران را بررسی نماييم و مناسب اين است كه بتوانيم به پيروزيهايی چشمگير در جبهه فرهنگی نائل گرديم. اين گونه پيروزيها مثل پيروزی نظامی در جنگ گذشته بر دشمن، مهم و سرنوشت ساز می باشند.
علامه تأكيد نمودند كه حوزه های علميه بايد به ايفای نقش مطلوب خود اقدام كنند و از آن جمله پرداختن به گفتگوی بين اسلامی است. خصوصاً كه كنفرانسهای چند جانبه در مديريت گفتگوهای علمی دچار شكست شده اند و دولت آمريكا موفق گرديده است كه در جاهای متعدد به فتنه افروزی در بين مسلمانان بپردازد.